1.油耗高，污染重。由于沒有往復式發動機的高壓縮比，使得燃燒不能夠很充分。雖然馬自達公司曾經給轉子發動機增加了單渦輪增壓和雙渦輪增壓等裝置，但只是提高了輸出馬力，并適度的減少了尾氣排放，但還是與往復式發動機有著很大的差距。

2.磨損嚴重，零部件壽命短。由于三角轉子引擎的相鄰容腔間只有一個徑向密封片，徑向密封片與缸體始終是線接觸，并且徑向密封片上與缸體接觸的位置始終在變化，因此三個燃燒室非完全隔離，徑向密封片磨損快。引擎使用一段時間之后容易因為油封材料磨損而造成漏氣問題，大幅增加油耗與污染。其獨特的機械結構也造成這類引擎較難維修。

3.部分標準欠缺。雖然轉子引擎具有以小排氣量、利用高轉速而產生高輸出的特性，但由于運轉特性與往復式引擎的不同，世界各國在制訂與引擎排氣量相關的稅則時，皆是以轉子引擎的實際排氣量乘以二來作為與往復式引擎之間的比較基準。舉例來說，日本馬自達旗下搭載了轉子引擎的RX-8跑車，其實際排氣量雖然只有1308立方厘米，但在日本國內卻是以2616立方厘米的排氣量來作為稅級計算的基準。