為了保證在整個使用壽命期內發動機都能正常工作，必須定期更換燃油濾清器，盡可能隔絕燃油系統中的水分和污物。
以康明斯B系列柴油機裝備的雙級燃油濾清器為例，它的第一級為帶有放水閥的油水分離器。每當首次起動前，應該旋松下端的放水閥，放水20s，然后旋緊。如果氣溫低于0℃，每天收車后必須馬上放水。放出的液體是燃油與水的混雜物，無論其中含油多少，都必須全部倒掉，這樣有利于燃油保持清潔狀態，避免燃油系統堵塞。

康明斯B系列柴油機燃油濾清器的更換里程為1.6萬km。更換時，拆下舊燃油濾清器連同里面的燃油一起報廢，不能將舊燃油濾清器中的燃油倒入新燃油濾清器內，因為殘存的燃油中帶有很多過濾出來的雜質，倒入新燃油濾清器后，會加劇燃油泵和噴油器的磨損。

在安裝燃油濾清器時，需要注意兩個問題：

一是組裝燃油濾清器時，在濾芯的兩端必須安裝密封膠墊。如果漏裝該處的密封膠圈，燃油濾清器內的燃油流通會“短路”，將喪失濾清效果。更換燃油濾清器總成時，油管兩端的夾箍應當同時更換。

二是更換一次性燃油濾清器時，必須注意其安裝方向，濾清器殼體上的箭頭表示燃油的流動方向。例如凌志LS400汽車裝備的1UZ-FE型發動機，其燃油濾清器的“IN”端口應當接燃油箱。如果裝反，將導致濾清器內部阻力增大，在燃油長時間沖擊力的作用下，會導致紙質濾芯與其鐵殼分離，破碎的紙濾芯可能無規律地堵住進油口，使系統油壓下降，就像單向閥似的，可能造成發動機無規律起動困難。

對于高壓共軌式燃油噴射系統，在維護燃油濾清器時應當注意以下幾點：
（1）更換燃油濾清器之前，應當將新的濾清器準備好，并且放在隨手可取的地方，將舊的濾清器拆下來后，立即安裝新的濾清器。

（2）從舊濾清器上拆下來的油管，應立即連接到新濾清器相應的接頭上，目的是防止污物進入燃油管路中。

（3）如果濾清器上有手動泵，在新濾清器裝配好以后，要運用手動泵，使濾清器內充滿燃油，并排除空氣。

（4）有的高壓共軌燃油噴射系統能夠自動、連續地排除空氣，對于這種機型，絕對不能為了排除空氣而打開高壓管接頭。