機動車登記證書丟了可以向公安機關交通管理部門申請補發。機動車所有人需要將車開到車管所，且機動車所有人為自然人辦理補領《機動車登記證書》的，本人必須到場申請，是不能委托他人代理的。提交申請后，公安機關交通管理部門經與機動車登記檔案核實后，會在收到申請之日起15日內補發。

登記證補辦流程：第一步，車主攜帶所需資料，開車到車輛注冊地車管所辦理；第二步，車輛通過專門的查驗通道，直接到查驗點，開始查驗車輛；第三步，車管所工作人員對車輛進行查驗，查驗完成后，車主到查驗服務處確認信息；第四步，車主到業務大廳導辦服務臺裝訂手續，排隊等待辦理；第五步，裝訂手續后，在等候區等待叫號辦理業務，然后到對應窗口進行辦理；第六步，攜帶受理憑證到收費窗口交費；第七步，車主到取證窗口打印機動車登記證書，補辦完成。